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皇帝深以为然道“是要如此，否则天下人岂不都将太医院视为入仕捷径了”
医生的价值虽然大，却在古代任何时代都比不上读书的士人，无非是地位底下，得不到重视。虽说在汉代时到还好些，有些士人出于兴趣爱好也会自学医术，但这并不就说医者是个令人尊敬的职业。皇帝有意从太医院开始，逐步提高医生的地位，只是这生源却很难办。
无论学什么，都要从认字开始，而时下的贫苦人家鲜少识字，识字的士人又不会乐意来前途暗淡的太医院。思来想去，皇帝最后说道“太医院的医学生暂定三百人，每年缴纳束后，便可就学。若是民间选入的医学生未能达到数目，就从蒙学调一批十二岁以上的童生过去。”
蒙学里的童生大都接受了两年多的启蒙教育，原本是打算在十五岁以后调入太学的，如今皇帝为了尽早搭起太医院的班子，只好先借此救急了。
黄琬自然答诺，同样的，分离出来的格物院也是比照太医院的制度，其下设了营造、冶炼、机巧三科，每科招五十人，其长官为院正，品秩六百石。太医院与格物院建立在当年桂宫的旧址上，北靠东西市、南临北阙甲第等达官贵人居所，位置便利。
“医学生不比太学生，其学成以后，需在太学建立医舍，轮流派驻人手给太学生无偿诊治，此外，尚需赴南北军中为将士医疗。每年年终时察其疗效，分为三等，依次奖赏。医疗失误多者，则酌情予以责罚，甚至驱逐。”皇帝意犹未尽，接着又补充说道“前次已让有司在长安建立医馆、救治黎庶，今不妨广而设置，先在京兆各县治建立医馆，征募各地有资历的医者入内行医，由该县发给俸禄。”
黄琬先是惊了一下，旋即反应过来，暗道是了，若非要在各地建设医馆，彼等太医院的学子学成以后，又哪有数百个职位安置呢倘或是分配到医馆里，那就好办了，一个医馆里少说要有十个医者，大一点的县城或郡治也不止一个医馆。这样一来无论太医院招收多少学生，都总有地方将其收纳，更遑论还有军医这一去处了。
想到这里，他又思及皇帝一番良苦用心，若以后真有千万医者，天下不知要少多少病人、军中不知要少损失多少伤亡。民间有些穷人得病而死，往往不是没钱求医，而是合格的专业医者根本找不到，反倒是一些巫医、方士大行其道。
