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男主角尼奥从黏糊糊的营养液中醒来，挣扎着拔掉了扎在后颈宛如脐带的链接线，举目四望中，无边无际的无数个营养仓以一种极具震撼力的方式出现在他的眼前，恢弘的背景乐由轻而重，震荡了所有人的心脏。
世界是虚假的，人们只是生活在机器人所制造出的“母体”中，以虚拟的梦境控制人类，而真实的世界里，人类的肉体被泡在营养液中，成为供应“母体”的能源。
但不是所有人都一无所觉地生活在母体构建出的梦境里，一部分觉醒的人类组成了反抗军，试图解救人类，获得自由，而尼奥就是他们苦苦寻找的救世主，那个独一无二的“the
one”。
——这是尼奥所得到的解释。
“为什么是我？”尼奥问，“你凭什么这么确定我就是这场机器与人类的战争中，属于人类的救世主？”
惯例的发问，克莱尔想，这种塑造人物的手法太常规了，有点不符合D&M的风格吧？
但这点念头很快就从她的脑子里烟消云散，她重新沉浸在电影里。
这段剧情引出了“先知”，一个说话云里雾里的人物，不过她应该不怎么重要，“先知”不过是一种强行解释电影逻辑的设定罢了。
既然电影的背景是人类和机器的战争，母体当然也派出了打击反抗军的军队，它们被称为“特工”，每一个特工在母体所构造的虚拟世界里都能上天入地，无视大多数物理规则，到处追杀反抗军。
