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最初，葡萄牙控制了这些群岛。但葡萄牙太过废物，经常被土著反过来教做人，最典型的就是“特尔纳特战争”。
特尔纳特岛，面积仅106平方公里，有一个土著建立的苏丹国。
屁大点的地方，反抗却很强烈。刚开始袭击葡萄牙村落，葡萄牙人靠着谈判妥协，才勉强维持和平。
接着，葡萄牙建立城堡，结果城堡都被岛民攻占，葡萄牙殖民者被全部杀死。
直到葡萄牙并入西班牙，西葡两国联手，才重新夺回特尔纳特岛。仅仅几年时间，岛上土著再度暴动，把葡萄牙人和西班牙人打包赶走。
一个小岛的土著，就如此强悍，这些殖民者的陆军是真弱鸡。
然后，荷兰人来了。
荷兰人吸取前辈的教训，开始玩屠杀把戏。在各个岛屿上，有意识的进行长期屠杀，专挑粮食收货季节出动，杀死土著、抢走粮食、烧毁房屋。如此连续十多年，导致这些岛屿，土著数量不断减少，几乎被打回原始社会。
等到土著的人数锐减，荷兰才真正的开始殖民，并将特尔纳特岛作为统治基地。直到占领巴达维亚，
荷兰东印度公司总督府，才由特尔纳特岛搬迁到巴达维亚。
