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1988年6月—1992年11月，邓建军为中国工程物理研究院流体物理研究所加速器物理及应用研究室研究实习员。
1992年11月起，邓建军先后担任中国工程物理研究院流体物理研究所加速器物理及应用研究室副主任、主任。
1996年1月—1997年5月，邓建军赴美国马里兰大学等离子体研究所做访问学者。
1998年6月—2007年6月，邓建军担任中国工程物理研究院流体物理研究所副所长。
2017年，邓建军当选为中国工程院院士。
2017年6月，邓建军担任中国工程物理研究院流体物理研究所总工程师。
从业之路解码
邓建军院士的从业经历，对他后来成为院士有着深远影响。
邓建军在流体物理研究所担任研究实习员期间，他深入科研一线，接触到实际的加速器物理及应用研究工作。这段时间，他熟悉了科研流程和方法，积累了实践经验，为后续开展更深入的研究奠定了坚实基础。
邓建军担任研究室副主任、主任期间，不仅提升了他的科研管理能力，还让他有机会带领团队开展研究项目。
