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2006年，李蓬全职回国，担任清华大学生物科学与技术系教授，曾与清华大学周海梦教授合作获国家杰出青年基金海外合作研究基金。
2007年，李蓬担任973蛋白质计划首席科学家。
2009年，李蓬获得国家杰出青年科学基金资助，同年出任清华大学生命科学学院副院长。
2012年，李蓬获得何梁何利基金科学与技术进步奖（生命科学领域）。
2015年，李蓬当选中国科学院院士，隶属于生命科学和医学学部。
2016年，李蓬当选为发展中国家科学院院士。
2016年11月至2023年10月，李蓬兼任国家自然科学基金委生命学部主任。
2022年6月5日，李蓬受聘担任郑州大学校长。
2022年9月24日，李蓬受聘为“河南省实施创新驱动、科教兴省、人才强省战略首席科学家”。
2023年2月14日，李蓬院士当选为马歇尔国际消化病医院（马歇尔国际消化医学研究中心）理事长。
