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就在这个时侯，人类才发现在过去千年内建造的星门在这个时侯已经所剩无几，拉格朗日系统已经破败不堪。但就算如此，战争并没有结束，杀红眼的豺狼们将“神圣群星帝国遗产”这块嫩肉分食殆尽后又盯上了人类文明永恒的家园——太阳系。
这个人类文明的发祥地，当地球圈只能想起这些远方的“孩子们”最初的模样时，他们却带着充记黑暗森林腐蚀过的气息回到“家乡”，无数饥饿贪婪的豺狼蜂拥而至，地球圈政府无力抵抗。没过多久，人类历史上第一座星门‘太阳系L001A星门-比邻星L002B星门’在战争中炸毁。
地球圈联邦政府只能承受战败，至此神圣群星帝国和太阳-比邻星联盟这两个人类历史上最强大的联邦势力彻底消失在了银河之中。
在这漫长的黑暗星际时代之中，不断的有许许多多的势力崛起，也有许许多多的势力在毫无人性的战争中落幕灭亡。在这修罗场之中诞生了一批全新势力的登场，（安东尼奥斯财团）、（诺玛运输）、（木星工业）、（盘古拓展开拓者投资公司）、（雷火科技）、（泰坦重工）、（阿瑞斯军团）、（捍卫者军团）、（欧迪尼库斯军团）、(鹰翼卫队）等他们的名字在之后的后拉格朗日时代如雷贯耳。黑暗星际时代的战争阴霾整整持续了八百多年才彻底结束。
黑暗星际时代的战争带来的不止是政局上的变化，人类文明被战争又一次的大洗牌。在战争的影响下科技经济与文化全面倒退，众多星域的太空城和星球设施损毁严重，甚至荒废。各个星系星门的损毁率达到了一个恐怖的数字，拉格朗日系统被迫关闭。
战后，为了防止对现存星门遗迹的进一步破坏，由地球圈政府牵头的“尘封行动”全面启动。星门遗迹被封锁，曾经的拉格朗日系统归于沉寂。
星系航行又一次回到了曲率引擎的时代，让人不禁感慨1600多年前银河系的星光浩瀚，而如今只剩下黑暗宇宙中的点点闪。
