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由此可以看出，精明的乾隆帝不想杀李侍尧，原因是多方面的。看中李侍尧的才干是一个方面，李侍尧婪赃大多与办贡有关也是一个方面。
据有史家分析，乾隆让和珅来办理李侍尧案，似乎要借此扼制督抚以进贡为名而肥已的贪婪劣迹，一方面可以为皇帝纳贡正名，另一方面可以制止督抚贪婪日盛的势头。
所以，乾隆在上谕中教训各督抚“须痛自梦省，毋谓查办不及幸逃法网，辄自以为得计。总之，有则改之无则加勉。触目警心，天良具在，人人以李侍尧为炯戒，则李侍尧之事未必非各督抚之福也。”
乾隆四十五年（1780
年）十月初三日，乾隆帝依闵鹗元的意见下谕，留下了李侍尧一条性命。《清史稿》记载说：“屡以贪黩坐法，上终怜其才，为之曲赦。”
第二年年初，乾隆帝派李侍尧任陕甘总督镇压回民起义。具有讽刺意义的是，通年五月又任命李侍尧查办甘肃布政使王亶望折监冒赈案。
李侍尧感恩不尽，效力自然不在话下。然而，乾隆这一赦免之举，更推动了地方大吏以进贡为借口的侵贪之风。虽然皇帝屡颁谕旨停止进贡，但臣工们的进贡就从来没有停止过。
公事废弛，贿赂公行，官官相护，进贡成了各级官吏“升迁倚仕”的法宝，与进贡相伴的官吏侵贪对清代吏治产生了恶劣的影响。
