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在朱载坖的支持下，严世蕃调动官军和地方卫所的军士们对涉案的士绅官吏进行大规模的抓捕，同时朱载坖对于涉案官吏比较多的地方和衙门的主官予以严厉申斥，尤其是盐政衙门，对于总理盐政庞尚鹏，朱载坖予以严厉申斥，同时给予处分，令庞尚鹏革职留任，以观后效。
同时东南的州县很多长官也因为治下不严而被吏部予以处分，对于这种情况下，东南的州县正印也不敢怠慢，赶紧配合严世蕃等人对于这些涉案的官吏、豪强，该抓捕的抓捕，该查抄的查抄。
而内阁首辅张居正则是迅速将朱载坖上疏，他认为朝廷不仅仅要是打击处理这些豪强们，更加重要的是要避免此类事件的再次发生，而张居正认为，导致这种情况不断发生，究其原因还是粮长制度的问题，张居正认为粮长制度其实是蒙古包税制的残余，在国初官吏缺少的情况下，当然可以把粮长制作为一个临时的替代方案，但是在朝廷已经有了成熟、完备的官僚队伍的情况下，再用粮长制就有些不合时宜了。
张居正请求撤销粮长制，改为有朝廷官吏直接向百姓收取赋税，朱载坖将张居正的奏疏下部议，户部是很支持这个方案的，粮长本来就是一种很模糊的存在，看似朝廷让粮长协助朝廷收缴、运输赋税，节省了很大一笔的行政开支，实则是朝廷把自己的权力让渡给了这些粮长们，使得他们在地方拥有了很大的特权，甚至可以和地方官府相对抗。
这些粮长们倚仗自己的种种特权，往往能够干预地方事务，
包揽打官司等，由此必定会造成对地方事务的非法干涉和对乡村司法权力的滥用。所以张居正向朱载坖建议，废除粮长制，由地方官府直接向百姓征缴赋税。
张居正的建议得到了户部的支持，朱载坖认为也确实是时候了，朝廷对于东南的控制已经加强了很多，已经能够有效的控制地方，所以朱载坖正式下诏，自即日起废除粮长制度，由地方官府直接向百姓征收赋税，同时有关粮长的一应特权也全部取消，和不同百姓一样承担朝廷的赋役。
而对于本案中涉及的豪强、官员们，刑部、大理寺、都察院三法司会审之后得出结论，钦差浙直观察使严世蕃和锦衣亲军所侦查搜集的证据基本属实，东南的豪强地主们与地方官吏、漕帮和漕运官吏、盐政官吏合谋盗卖朝廷漕粮，利用漕船的免税特权逃避钞关税收，同时勾结盐政官吏，贩卖私盐还有贩卖朝廷禁榷物资，豢养家丁私兵，擅自持有违制兵刃等事，罪证俱在，但是对于严世蕃所指控的谋逆大罪，三法司认为证据不够充分，不能够认定其谋逆。
对于三法司的上疏，朱载坖通过御批予以答复，朱载坖御批道：“彼辈勾连漕帮，心怀叵测，且暗结匪类，私藏军器等，虽无谋逆之情，然已有谋逆之行，如不严惩，国法何在？”
