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朱载坖的诏书下达后，严世蕃以最快的速度南下去处理此事，临行之前，朱载坖单独召对了严世蕃。
朱载坖问道：“德球此去，可有什么方略？”
严世蕃说道：“臣惟陛下命！”
朱载坖对严世蕃说道：“卿既有王命旗牌，就当为朕横扫魑隗魍魉，以靖天下！”
严世蕃赶紧领旨说道：“臣谨领圣谕！”
随后，朱载坖发布上谕，对于漕运以及东南方面大员予以严厉斥责：漕渠乃国之要害，漕运乃国之要务，尔等敷衍塞责，以至于奸人乱法，不能尽行缉拿，漕船倾覆，仓庾失火，尔辈岂能高卧？朕特遣钦差，前往查察要案，若仍抗拒天威，怙恶不悛者，朕必戮其三族，以彰国法！
朱载坖首先严厉震慑东南和漕运的官员们，随后在和劳堪的密疏批答之中，朱载坖一方面对于劳堪失误导致大量证人被灭口的事情予以严厉斥责，这确实是极大的疏漏，明明这些水次仓官员也是属于漕运系统内部的官员，这些粮长豪强们既然会将这些水次仓的官吏们都买通，难道就不会将劳堪漕运总督衙署的官吏们予以收买？劳堪不管是出于什么原因，这都是造成了重大的失误，使得朝廷在处理此事上极为被动，朱载坖对此极为不满，对于劳堪进行的严厉的斥责。
但是劳堪敢于对这些官员们动刑这点，朱载坖反而是很赞赏的，虽然现在科道因为此事疯狂弹劾劳堪，但是朱载坖在御批中反而说道：“非常之事，必有非常之法，卿不必拘束，务使元凶就擒，其余细枝末节之事，不必太过纷扰。”朱载坖的态度已经是非常之明确了，就是对于劳堪动刑一事予以默许，甚至是鼓励，只要能够尽快破案，用刑什么都不是问题，朱载坖很清楚，以劳堪的个性，对朝廷命官尚且敢于动刑，对于那些士绅豪强们就更加不会手软了，现在朱载坖就是需要这样的酷吏来帮朱载坖镇压这些豪强。
得到了朱载坖御批的劳堪当然明白了朱载坖的意思，同时张居正也通过书信告知劳堪，朱载坖对于这帮东南的粮长已经是忍无可忍了，这次是决心收拾这些人了，劳堪要充分体会圣意，好好给朱载坖当刀，才能够得到重用。
而有关科道对于此事的议论，朱载坖一律留中不发，同时应劳堪、张学颜等人的要求，朱载坖命令南京锦衣亲军配合钦差办案，现在劳堪已经不敢再信任这些当地的官吏了，劳堪命令将这些涉嫌灭口的漕运总督衙署官吏全部押解到南京锦衣卫的诏狱中羁押起来，要是在南京锦衣亲军的诏狱中还出了事情的话，那就别怪朱载坖动怒了，朱载坖为此还专门给南京守备丰城侯李儒下旨，要他严密南京城防，同时命令陆绎给南京锦衣亲军下令要严密看押这些钦犯，要是出了什么差错，涉事官校一律流放缅甸。
