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合理土地利用，常常导致大量植物残体和死亡生物体的堆积。
真菌作为分解者，能够将这些有机物质分解为无机物质，释放出营养元素，为植物的生长提供必要的营养物质。
此外，分解过程中产生的腐殖质有助于改善土壤结构，增加土壤的保水和透气性，为植物的生长创造良好的土壤环境。
在退化生态系统的重建过程中，真菌还能够帮助固定土壤，减少水土流失。
例如，一些土壤真菌能够产生粘性物质，这些物质有助于土壤颗粒的团聚，从而提高土壤的抗侵蚀能力。
同时，真菌的菌丝网络在土壤中形成微观通道，这些通道有助于水分和空气在土壤中的流通，为其他土壤生物提供生存空间，促进土壤生物多样性的恢复。
真菌在生态系统恢复和重建中的作用还体现在生物修复方面。
一些真菌具有降解或转化环境中污染物质的能力，如石油、多环芳烃和重金属等。
这些真菌通过吸附、包裹、氧化还原等机制，将污染物转化为无害或低毒性的形式，从而减轻污染对生态系统的压力，为生态系统的恢复创造条件。
