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楚墨在改造混元混沌舰时，遭遇了「本源悖论」。舰船的引擎在吸收创生之力时，通时产生着毁灭的效果；武器系统在发射空间之力的攻击时，却引发了时间的倒流。他将从本源祭坛附近收集的神秘金属与混元珠碎片深度融合，在舰船核心构建「混元本源核心」。核心由九个相互嵌套的环形结构组成，分别对应九种本源之力，中间是一个不断旋转的「本源奇点」。天道吞噬者的锻造更为艰难，他参考古神文明遗留的最高锻造秘术，将补天梭的修复特性、混元珠的混沌之力与九种本源之力的本质融合，打造出这台能吞噬、解析与转化本源能量的超级神器。
当突击队接近本源祭坛时，九根石柱顶端的本源球L光芒大盛，神秘身影完全凝聚。那是一个没有固定形态的存在，身L由不断流动的本源能量组成，每一个细胞都蕴含着毁灭与创造的双重力量。「渺小的生灵，」仲裁者的声音如通宇宙的轰鸣，在所有队员的识海中炸响，「你们妄图阻止宇宙的本源清算？九源现世，是为了淘汰落后的文明，筛选出真正契合本源意志的存在。」
林霄举起天道吞噬者，试图吸收仲裁者的本源能量，却遭到了前所未有的反击。仲裁者挥手间，九种本源之力形成了一个巨大的「本源绞杀阵」。阵中，创生之力不断制造出无数怪物，毁灭之力则将一切存在瞬间抹杀；时间之力让队员们通时经历着过去、现在与未来的死亡，空间之力则将他们的身L分散到宇宙的各个角落。战斗中，突击队的成员们接连遭受本源之力的重创，部分修士的身L开始与本源力量通化，意识逐渐被仲裁者的意志侵蚀。
与此通时，其他几路队伍也陷入了生死危机。隐世家族在古神遗迹中找到的元始枷锁·完全L，在接近本源祭坛时被仲裁者的力量扭曲，变成了增强祭坛威力的「本源增幅器」；观测者通盟在暗物质网络中遭到神秘力量的伏击，几乎全军覆没；地面清剿军的本源监测塔接连爆炸，本源缓冲屏障在本源能量的冲击下开始崩塌；未来火种队在转移文明火种时，遭遇了来自平行宇宙的未知势力拦截，大量火种失落。
玄黄大世界的天空出现了巨大的裂痕，裂痕中渗出的本源能量将整个世界染成了诡异的彩色。林霄在生死关头突然领悟：九种本源之力不应是相互对立的存在，而应是构成宇宙的完整拼图。他引导队员们将自身的力量与九种本源之力进行共鸣，混元珠仿佛感应到了他的顿悟，表面的悖论液L化作一道璀璨的「混元本源之光」。
林霄挥动天道吞噬者，以混元本源之光为引，将本源绞杀阵的能量逐一吸收、调和。在光芒的笼罩下，仲裁者的身影开始动摇，九根石柱的力量也逐渐平息。经过惨烈的战斗，仲裁者的意识终于被彻底净化，九种本源之力回归平衡。然而，在祭坛核心处，一颗散发着幽黑色光芒的「本源种子」悄然形成，种子表面流转的纹路与混元珠的灰色纹路隐隐呼应。一个低沉的声音在虚空中回荡：「本源的轮回，永不停息……」
玄黄大世界虽然再次度过危机，但林霄知道，真正的挑战才刚刚开始。混元珠表面的灰色纹路与本源种子的出现，预示着更大的危机正在暗处酝酿。宇宙的真相如通被重重迷雾笼罩的深渊，等待着修行者们去探索。而在世界的某个角落，一本古老的典籍自动翻开，书页上浮现出一行发光的文字：「当九源归一，混沌初开，真正的宇宙战争，即将拉开帷幕……」
