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可以说，保卫部完全就是林克的亲兵。只有最受信赖的嫡系部队才能加入。
科技部门主要是海伦戴夫以及麦克斯，大到机械堡垒的维护，小到新武器装备的创新改造，这个部门代表着保护伞基金会的最高科技水平。
独联部这个部门就是专门为加入保护伞基金会的势力而专门设立的。全称是独立联合部门，其中包括潘朵拉、维多利亚、斯莱文、符神星、第一秩序、变种人兄弟会、十字军团等一系列势力与组织。
日后其他和保护伞基金会联合入住的势力，也都会加入这个部门。
最后一个部门异委会，全称异人管理事务委员会，是专门为玩家设立。其中最重要的组织是原沙都军情处，也就是现在的机械堡垒远征军办事处，由沙都军情处副主任任毅担当主要领导。
而在这些后面还有一个空缺的部门，珀尼并没有注明部门名称，只是在括号里写下了“待定”二字。
按照珀尼的原话，以后在宇宙中还将遇到各种不确定的情况和不确定的人。这个待定的机构就是为此服务，至于名称等日后再另行定夺。
对于保护伞基金会的新架构，林克表示十分满意。当即安排珀尼按照这个架构重新调整更改。
更改名称和部门的事情，在机械堡垒内并没有引起太大波折。
优化调整以应对未来各种不确定的势力、环境、因素，本就是十分正常的事情。
