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独孤庆天几次下令彻查屠杀一事，结果都是石沉大海，没有结果。
这样一来，武林人士开始人人自危，到了谈起独孤圣教就色变惶恐的程度，邪教之名大行于江湖，但是独孤庆天依旧我行我素，一意孤行。独孤圣教因此得罪了不少武林人士，成了武林的公敌，结果可想而知，现存的不愿与独孤圣教为伍的武林各大帮派决定联合抵制，终于在少林、武当、峨眉、崆峒四大门派带领下，集合江湖各帮各派各自的功夫好手在击破独孤圣教各个分坛之后，同时策反先前被逼或投诚的江湖帮派及个人，里应外合，一举攻破独孤圣教的总坛龙门山。
兵败如山倒，由于独孤圣教帮众有许多是后期投诚或被逼无奈之人，本来这种集体就很松散，一旦出现状况，便会树倒猢狲散，果不其然，还没听到对方的喊杀声，就有不少人开始溜号，争相逃命去了，挡都挡不住。
独孤庆天坐在龙门山庆天殿的宝座上，听着山下不断传来的刀剑相碰，以及人员喊杀的声音，知道大势已去，自己即使再有通天的本事，也是有心无力，无法力挽狂澜。
独孤庆天反思着失败的原因，因为自己好大喜功，盲目扩张，下面教中鱼龙混杂，真正心向圣教的没有几个，这些江湖人士，都是些见风使舵之徒，当你得势之时，就拼命向你巴结，一旦你失势，他们便会毫不犹豫地离开你，抛弃你。
后悔已经没用，独孤庆天很清楚这一点。
于是孤庆天便悄悄安排撤退之事，首先安排左使韩不破带着自己的夫人先行离开龙门山。
独孤庆天的夫人此时正值将要临盆之际，没成想会遇上武林各派一起攻打龙门山，倒让独孤庆天有点乱了方寸，此时也是无计可施，只好特地叮嘱韩不破带领一干人等一定要保护夫人周全，并再三嘱咐夫人的贴身丫鬟小翠要多多留意夫人的动静。
然后又有序安排教众逃离隐藏，分别组织，化整为零，通过龙门山原先修好的暗道，分批离开，自己则守在总坛庆天殿，誓与圣教共存亡。
