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司法机构设督察院，下设刑部和御史台、大理寺，共称为三法司制。魏征担任督察院院长，从一品大员，只比左右二相低一级。
其中，刑部为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同九卿审理“监候”的死刑、案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。类似后世的司法部和公检法部门。
大理寺相当后世的最高法院，掌刑狱案件审理，还设有律例馆，掌修订法律。
御史台是行政监察机关，也是司法机关之一，负责纠察、弹劾官员、肃正纲纪，相当于后世的纪委。
在这三大机构之外，还设有国家安全府、天子暗卫府两个特殊机构。国家安全府的大统领自然是沈果儿，由原军情府的主要人员组成，正二品，下设情报司、保密司，行动司。
至于天子暗卫府则是大安帝国最特殊的部门单位，因为暗卫府的统领是聂小雨，机构主要人员来源于原小雨剧院、武林公会，以及聂小雨一手培养出来的刺客和死士。
而在这之外，大安国还设立翰林院和国子监，但因为官吏稀缺，目前只是一个架子。
此外，王君临还特意在大安国设立太医院，负责管理宫廷及贵族诊断、制药同时，统管全国各州、县医院，设正五品院使一人，正六品院判二人，正八品御医四人，从九品吏目若干人。
地方行政划分暂时和大隋之前一样，分郡、县、乡镇、村四个级别。
