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庶务科统辖本部各科，负责经营、传达指示及通上下左右的联系；
经理科负责制定预算，分配和处理经费，调配物资，发放工资、给养等业务；
材料科负责关于当地资源的药理研究，保证并提供作战、防疫以及研究所需的各种卫生材料等；
计划科负责制定有关华北作战的防疫、给水及细菌制造等的业务计划。
除设本部外，下设3个部门，称为分遣队：
第一课-卫生检验课，第二课-细菌生产课，第三课-细菌武器研究所
其中重中之重就是这个第二课-细菌生产课，位置在天坛南墙外的前卫生署中央防疫处生物制品所，这地方以前是中国最大的一个血清、疫苗研制所，拥有现成的疫苗大生产设备。细菌生产课可利用这里现成的设备，批量制作细菌战剂。
另外，根据郑朝阳看到的文件里标注，这个部队还设有13个驻外地的分部与办事处，在天津、大通等地都有制造细菌的场所，不过也都是筹建初期。
除了在天坛神乐署驻扎部队，他们还在天坛院子里建了很多房子，算上宿舍、病房、监狱之外，仅工作实验室就有100多间，主要生产鼠疫、霍乱、伤寒等细菌武器。
